税抜で登録したい場合は、「交通費」ではなく「諸経費（課税）」をご利用いただきますようお願いいたします。

なお、インボイス制度においても、これまで通り交通費を税込で登録することは可能です。

下記の参考URLにあるように、「適格請求書の交付義務が免除される３万円未満の公共交通機関による旅客の運送」や
「従業員等に支給する通常必要と認められる出張旅費等」であれば、帳簿への保存対応のみで問題ないため、
税抜金額にして再計算を行わなくても問題にはなりません。

また、弊社に送付されるパートナー企業様からの適格請求書も
交通費に関しては「発生した金額(税込)のまま記載」が大部分を占めています。
そのため、請求ナビでは、交通費はインボイスの対応範囲外という判断で、
業界の慣習を重視し、税込みの値で登録されることを前提とした仕様となっています。

参考URL：
問94(立替金)：
一定の事項を記載した帳簿のみの保存で仕入税額控除が認められる課税仕入れに該当すること(問101を参照)が確認できた場合、貴社は、一定の事項を記載した帳簿を保存することにより仕入税額控除を行うことができます。
この場合、適格請求書及び立替金精算書等の保存は不要となります。

問104(帳簿のみの保存で仕入税額控除が認められる場合)：
次の取引については、一定の事項を記載した帳簿のみの保存で仕入税額控除が認められます。
① 適格請求書の交付義務が免除される３万円未満の公共交通機関による旅客の運送
⑨ 従業員等に支給する通常必要と認められる出張旅費等（出張旅費、宿泊費、日当及び通勤手当）