請求ナビの一括請求書は、適格請求書の要件を満たすため、参考URLにおける例③の仕様で作成させていただいております。
そのため、小計と消費税の合算がずれるのは仕様となります。
ずれていても問題はありませんので、ご安心ください。

参考URL：【記載例：税込金額を基に消費税額を計算する場合】例③