端数処理方式は、「消費税」、「請求金額」、「支払金額」に対しての端数処理を指しており、
「超過控除額」に対する端数処理ではありませんのでご注意ください。

端数処理方式につきましては、以下項目の算出タイミングにて1円単位で指定の端数処理が行われます。
・消費税
・分単位の勤務時間に対する超過/控除後の報酬額
・分単位の勤務時間に対する時給報酬額

今回のご質問の場合、「分単位の勤務時間に対する超過/控除後の報酬額」が該当します。
請求の場合、「報酬額」は、「超過控除額」ではなく、「請求金額」を指しています。
つまり、「請求金額」に対して端数処理を行います。
そのため、控除の場合は、控除額が切上げ（請求金額の切捨て）で算出され、
超過の場合は超過額が切捨て（請求金額の切捨て）で算出されます。

金額計算の端数処理につきましては、請求ナビをご利用されるお客様によって、
様々なご要望があり、すべてのお客様のご要望をかなえることが難しいため、上記の仕様で統一しています。
お手数ですが、1円単位でのずれが生じる場合は、
「小計」、「合計」、必要があれば「消費税」を修正していただくようお願いします。

参考までに、端数処理の動作例をご紹介します。

・端数処理切捨ての場合の請求金額
単価：500000
超過金額が「10,000.5」の場合：51,0000円(510,000.5を切捨て)
控除金額が「-10,000.5」場合：489999円(489999.5円を切捨て)

・端数処理切上げの場合の請求金額
単価：500000
超過金額が「10,000.5」の場合：51,0001円(510,000.5円を切上げ)
控除金額が「-10,000.5」場合：490000円(489999.5円を切上げ)